Dengan Perjanjian London, Belanda memperoleh kembali jajahannya atas Indonesia. Kemudian Belanda membentuk Komisaris Jenderal yang akan melaksanakan kembali kekuasaan di Indonesia yang beranggotakan Elout, Buyskes, dan Van der Capellen. Namun oleh Inggris, ada wilayah Indonesia yang tidak dikembalikan kepada Belanda, yakni daerah Sumatra dan sekitarnya.
Pada bulan Maret 1816, Raffles menyerahkan kekuasaannya kepada John Fendall. Setelah itu, Raffles segera menuju Singapura dan membangun kota Singapura (1819). Singapura dijadikan pusat pertahanan Inggris sampai Perang Dunia II. Sementara itu, bekas wilayah kekuasaan Raffles diserahkan oleh John Fendall kepada Komisaris Jenderal pada tanggal 19 Agustus 1816. Dengan demikian, Indonesia sepenuhnya menjadi daerah kekuasaan Belanda dan diberi nama Nederlands Indie (Hindia Belanda).
Kehadiran Belanda kembali ke Indonesia banyak ditentang oleh rakyat dan raja-raja daerah sebab pada masa lalu kekuasaan raja banyak dikurangi. Belanda juga pernah melaksanakan monopoli dagang yang merugikan rakyat sehingga menimbulkan rasa antipati rakyat terhadap Belanda. Kebencian ini lalu menimbulkan gerakan anti penjajahan Belanda seperti perlawanan Thomas Matulessi, Perang Diponegoro, dan Perang Padri.
Kebijakan merugikan penjajahan belanda:
a. Tanam Paksa (Cultuur Stelsel)
Pada tahun 1830, pemerintah Belanda mengangkat gubernur jenderal yang baru untuk Indonesia, yaitu Van den Bosch, yang diserahi tugas untuk meningkatkan produksi tanaman ekspor, seperti tebu, teh, tembakau, merica, kopi, kapas, dan kayu manis. Dalam hal ini, Van den Bosch mengusulkan adanya sistem tanam paksa.
b. Kolonial Liberal
Setelah tanam paksa dihapuskan, pemerintah Belanda melaksanakan politik kolonial liberal di Indonesia dengan memberikan kebebasan pada pengusaha swasta untuk menanamkan modal di Indonesia. Namun, pelaksanaannya tetap menyengsarakan rakyat karena kebijakan-kebijakan yang dilaksanakan semata-mata untuk kepentingan kolonial Belanda. Belanda tetap melaksanakan cara-cara menguasai bangsa Indonesia dengan perjanjian, perang, dan pemecah belah.