Dalam masa awal penjajahan Belanda, pergerakan perlawanan baru bersifat kedaerahan. Salah satunya adalah Perlawanan Padri yang dipelopori oleh para ulama.
Gerakan padri didirikan oleh tiga orang ulama, yakni Haji Miskin, Haji Piambang, dan Haji Sumanik sepulang dari Tanah Suci. Ketiga ulama tersebut sangat kecewa melihat kebiasaan masyarakat Minangkabau yang telah sangat jauh dari ajaran Islam. Usaha mereka untuk memengaruhi masyarakat mendapat perlawanan keras kaum adat hingga timbullah peperangan. Berikut sebab-sebab timbulnya perang.
a. Adanya perbedaan pendapat antara kaum ulama/padri dengan kaum adat. Kaum ulama terpengaruh gerakan wahabi menghendaki ajaran agama Islam berdasarkan alquran dan Hadis.
b. Kaum ulama ingin memberantas kebiasan buruk yang dilakukan kaum adat, seperti berjudi, menyabung ayam, dan mabuk.
c. Perebutan pengaruh antara kaum adat dan kaum ulama.
Pertempuran semula terjadi pada tahun 1825 di Minangkabau antara kaum adat dan kaum ulama. Kaum ulama dipimpin oleh Imam Bonjol. Kaum adat kemudian minta bantuan Belanda. Namun Belanda sedang terdesak, akibat perang menghadapi Pangeran Diponegoro. Maka, Belanda mengajak berunding saja dan mengakui batas wilayah kekuasaan kaum padri.
Sesudah tahun 1830, Belanda mengobarkan perang antara kaum adat melawan kaum padri, dalam hal ini Belanda membantu kaum adat. Semula pertempuran itu terjadi, tetapi setelah kaum adat sadar akan bahaya Belanda, mereka bergabung dengan kaum padri melawan Belanda sejak tahun 1832. Belanda di bawah Van den Bosch menggunakan Sistem Benteng Stelsel dan dikirimlah bantuan di bawah pimpinan Sentot Ali Basa Prawirodirjo yang kemudian memihak kepada kaum padri. Sentotpun dibuang ke Cianjur. Kemudian Belanda menyerang kota Bonjol dan mengadakan Perjanjian Plakat Panjang (1833), yang isinya:
a. penduduk dibebaskan dari pembayaran pajak atau kerja rodi,
b. Belanda akan menjadi penengah jika timbul perselisihan antarpenduduk,
c. perdagangan dilakukan hanya dengan Belanda, dan
d. penduduk boleh mengatur pemerintahan sendiri.
Dengan siasat Benteng Stelsel, Belanda mengepung benteng Bonjol pada tanggal 25 Oktober 1937 sehingga Imam Bonjol tertangkap dan dibuang ke Cianjur. Pada tahun 1854, Imam Bonjol wafat di Manado.