Penindasan yang dilakukan oleh kolonial Belanda sangat merugikan rakyat di berbagai daerah sehingga menjadi penyebab munculnya berbagai gerakan sosial di tengah-tengah masyarakat yang tertindas. Gerakan sosial yang muncul itu berbentuk protes yang dilakukan oleh rakyat dan para petani, gerakan ratu adil, dan gerakan keagamaan.
a. Gerakan Protes Petani
Di berbagai daerah, banyak terjadi kasus pemberontakan yang disebabkan oleh penguasaan tanah milik petani oleh para tuan tanah bermodal besar dan pembebanan pajak yang sangat tinggi kepada para petani. Akibatnya, banyak rakyat yang semakin menderita dan tertekan.
Beberapa contoh gerakan protes petani yang terjadi di berbagai daerah adalah sebagai berikut:
1). Pemberontakan di Ciomas, lereng Gunung Salak, Jawa Barat (tahun 1886) pimpinan Arfan dan Muhammad Idris.
2). Pemberontakan di Condet, Jakarta (tahun 1913) pimpinan Entong Gendur, Maliki, dan Moden.
3). Pemberontakan di Surabaya (tahun 1916) pimpinan Sadikin.
4). Pemberontakan di Tangerang (tahun 1924) pimpinan Kalin.
b. Gerakan Ratu Adil
Ketika Kerajaan Kediri di Jawa Timur mengalamai zaman kejayaan (1135-1157), pada masa Raja Jayabaya terkenal dengan ramalan-ramalannya yang dikumpulkan dalam suatu kitab berjudul Jongko Jangka Jayabaya.
Gerakan Ratu Adil yang muncul pada masa kolonial Belanda sesungguhnya adalah sebuah harapan munculnya pemimpin rakyat untuk membuat rakyat makmur. Gerakan Ratu Adil ini terdapat di daerah Jawa Barat, Jawa Tengah, dan Jawa Timur.
c. Gerakan Keagamaan
Perilaku bangsa Barat (Eropa) pada zaman kolonial yang masuk ke Indonesia sudah terlihat sejak kedatangan bangsa Portugis di malaka dan pendaratan Cornelis de Houtman di Banten. Perilaku bangsa Eropa bertentangan dengan agama Islam serta kepercayaan yang dianut oleh sebagian besar penduduk pribumi sebagai berikut:
1). Monopoli perdagangan.
2). Perbudakan atau kerja rodi.
3). Penajajahan atau merampas negeri.
4). Praktik aturan tanam paksa dan penyimpangannya.
5). Pemerasan atau penarikan pajak yang tidak sesuai dengan kemampuan rakyat.
6). Mabuk karena minuman keras dan gaya hidup mewah di atas penderitaan orang lain.
Beberapa contoh perilaku di atas mengakibatkan penderitaan lahir dan batin terhadap rakyat Indonesia. Oleh karena itu, muncul gerakan rakyat Indonesia untuk memurnikan kembali ajaran Islam. Salah satu bentuk upaya yang dilakukan rakyat Indonesia adalah membangun pusat perlawanan terhadap kekuasaan Belanda di pesantren dan tarekat.