Penjajah Belanda, Cornelis de Houtman, mendarat kali pertama di Indonesia pada tahun 1596. Rombongan mendarat di Banten dengan alasan untuk berdagang, akan tetapi dalam perkembangan berikutnya bangsa Belanda bersikap kurang bersahabat sehingga mereka diusir dari kerajaan Banten.
Cornelis de Houtman beserta rombongan kemudian melanjutkan pelayarannya ke arah timur menelusuri pantai utara Pulau Jawa hingga tiba di Pulau Bali. Setelah mempelajari jalur pelayaran laut dan membeli rempah-rempah, mereka kembali ke negara asalnya. Pada tahun 1598, bangsa Belanda mendarat di Banten untuk kali kedua dan dipimpin oleh Jacob Van Neck. Rombongan yang datang kali kedua ini, jumlahnya lebih banyak dan masing-masing kelompok membentuk kongsi dagang sehingga menimbulkan persaingan di antara mereka sendiri. Upaya Inggris untuk mengatasi persaingan dagang yang semakin kuat di antara sesama pendatang dari Belanda adalah dengan mendirikan dan menyaingi persekutuan dagang Inggris di India dengan nama East India Company (EIC).
Adapun tujuan dari pembentukan VOC (Vereenigde Oost Indische Compagnie) adalah sebagai berikut:
- Menguasai pelabuhan penting.
- Menguasai kerajaan-kerajaan di Indonesia.
- Melaksanakan monopoli perdagangan di Indonesia.
- Mengatasi persaingan antara Belanda dengan pedagang Eropa lainnya.
Pada tahun 1619, kedudukan VOC dipindahkan ke Batavia (sekarang Jakarta) dan diperintah oleh Gubernur Jenderal Jan Pieter Zoon Coen. Perpindahan kedudukan VOC dari Ambon ke Batavia ditujukan untuk merebut daerah dan memperkuat diri dalam persaingan dengan persekutuan dagang milik Inggris (EIC) yang sedang konflik dengan Wijayakrama (penguasa Jayakarta).
Masa VOC berkuasa di Indonesia disebut sebagai "zaman kompeni". Dalam upaya mengembangkan usahanya, VOC memperoleh piagam (charter) yang diterima dari pemerintah Kerajaan Belanda. Piagam (charter), secara umum menyatakan bahwa VOC diberikan hak monopoli dagang di wilayah sebelah timur Tanjung Harapan serta beberapa kekuasaan seperti mencetak uang, memiliki tentara, mengangkat pegawai, menduduki daerah asing, membentuk pengadilan, bertindak atas nama Belanda (Oktroi), dan mengadakan perjanjian dengan raja-raja setempat.
Dalam perkembangan berikutnya, kompeni berubah menjadi kekuatan yang tidak sebatas berdagang, tetapi ikut campur, yakni dengan mengendalikan pemerintahan kerajaan-kerajaan di Indonesia. Penindasan kompeni yang kejam sangat menyengsarakan rakyat Indonesia hingga menimbulkan perlawanan di beberapa daerah di Indonesia. Beberapa perlawanan rakyat yang bersifat kedaerahan tersebut antara lain adalah perlawanan rakyat Banten, Mataram, Makasar, Bali, dan Maluku.
Pada abad ke-18, VOC mengalami kemunduran dan tidak dapat melaksanakan tugas dari pemerintah Belanda. Kemunduran VOC semakin parah, yaitu ditandai dengan kondisi keuangan yang kian merosot hingga mengalami kebangkrutan. Beberapa faktor penyebab kemunduran VOC adalah sebagai berikut:
- Banyaknya jumlah pegawai VOC yang korupsi.
- Rendahnya kemampuan VOC dalam memantau monopoli perdagangan.
- Berlangsungnya perlawanan rakyat secara terus-menerus dari berbagai daerah di Indonesia.
Masalah yang dihadapi VOC semakin besar dan rumit hingga diketahui oleh pemerintah Belanda bahwa VOC tidak mampu melaksanakan tugasnya dan tidak mampu menangkal setiap agresi dari pihak asing. Pada saat itu, di negeri Belanda sedang terjadi konflik politik. Kekuasaan Raja Willem sebagai penguasa kerajaan Belanda digantikan oleh Republik Bataaf di bawah kendali Perancis.
Pada tanggal 31 Desember 1799, VOC resmi dibubarkan dan pemerintah Belanda (saat itu Republik Bataaf) mencabut hak-hak VOC. Semua kekayaan dan utang VOC diambil alih oleh negara dan mulai saat itu pula, segala bentuk kekuasaan atas Indonesia berada langsung di bawah pemerintahan Belanda. Kekuasaan Republik Bataaf di Belanda ternyata tidak berlangsung lama dan belum sempat berkuasa di Indonesia. Pada tahun 1806, terjadi perubahan politik di Eropa hingga Republik Bataaf dibubarkan dan berdirilah Kerajaan Belanda yang diperintah oleh Raja Louis Napoleon.