Portugis Masuk ke Nusantara (Indonesia) di bawah pimpinan pelaut terkenal bernama
Afonso de Albuquerque pada tahun (1453-1515), Afonso arsitek utama ekspansi portugis ke Asia serta orang Eropa pertama yang sudah memulai Kolonialisasi Eropa selama berabad-abad atas Nusantara dan menjadi pelabuhan maritim yang sangat penting bagi Portugis, dengan Sumatra,Jawa,Banda, dan Perdagangan rempah rempah.
Sebelumnya,Portugis juga sudah menguasai India dan mendirikan pemerintahan di sana,dan Malaka merupakan selat pertama yang sudah berhasil di taklukan oleh portugis pada tanggal 10 Agustus 1511 setelah ia tiba di Malaka pada awal juli 1511, pada saat itu Portugis menguasai sepenuhnya perdagangan rempah rempah dari Asia ke Eropa.
Setelah menguasai Malaka, Portugis terlibat komunikasi denga Kerajaan Sunda atau Pajajaran (Kerajaan Hindu), untuk menandatangani perjanjian dagang,terutama lada, perjanjian dagang tersebut terjadi pada tahun 1522 dalam bentuk dokumen kontrak, pada tahun (1526-1527) demak menyerang Pajajaran, akibat penyerangan itu Bangsa Portugis lebih banyak beroperasi di Kepulauan penghasil Rempah-rempah.yaitu Maluku,pulau Timor,Solor, dan Flores pada tahun1599.
Diternate,Portugis menjalin persahabatan dan persekutuan dengan Kesultanan ternate yang bercorak islam yang di pimpin oleh utusan Albuquerque yang bernama Antonio de Abreu dan Francisco Serrao tujuan bangsa Portugis tersebut untuk rempah-rempah berupa cengkah dan pala, Bahkan kesultanan mengijinkan bangsa Portugis untuk menbangun benteng yang di beri nama
Benteng Sao Paulo atau
Benteng Gamalama.
Pada waktu itu Ternate memang berkepentingan untuk menerima Portugis , yaitu dalam rangka mengimbangi Persaingan kesultanan tidore.Persaingan ini membuat mereka memilih mitra koalisi asing yang berbeda. Ternate merangkuk Bangsa Portugis pada tahun 1512,sedangkan Tidore bersekutu dengan Spanyol sepuluh tahun kemudian.
Monopoli bangsa Portugis berakhir sejak dikalahkannya Sultan Babullah dari Ternate pada tahun 1575 serta kemudian disingkirkan juga bangsa Belanda dari Ambon pada tahun 1599,dan pada tahun 1859 melalui
Kesepakatan Lisabon yaitu sebuah kesepakatan amtara Belanda dan Portugis dimana Portugis menyerrahkankan Hindia Timur, sebutan untuk Nusantara kepada Belanda kecuali Timor Leste dan secara khusus Belanda harus membanyar kepada bangsa Portugis sebesar 80.000 Golden untuk mendapatkan Pulau Flores.